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转录辅助因子(COFs)将增强子与启动子的调节信号联系起来，是转录激活和基因表达的中心效应因子1。尽管一些的COF已显示偏爱某些启动子类型比其他，在何种程度上不同的COF的显示这对于不同的启动子固有的特异性是不清楚的。
在这里，我们在黑腹果蝇中使用高通量启动子活性测定S2细胞筛选23个COF以激活72,000个候选核心启动子(CP)的能力。我们观察到CP的差动机构致动，这表明不同的调节偏好或“相容性”8，9的COF和特定类型的CP之间。这些功能不同的CP类型被差分富集已知序列元件2，4，如TATA盒，下游启动子元件(DPE)或基序TCT，并显示在内源基因座不同的染色质的性质。
值得注意的是，CP类型中的H3K4me3和H3K4me1标记的他们的相对丰度不同，这表明这些组蛋白修饰可能区分反式调节因子而不是启动子 - 增强型 -顺式 -调节元件。我们在两个额外的果蝇细胞系和人类细胞中证实了不同COF-CP相容性的存在，为此我们发现COF分别更喜欢TATA-box或CpG-island启动子。COF和启动子之间的不同相容性可以解释不同的增强子如何特异性激活不同的基因组9，相同基因内的替代启动子，以及同一启动子内的不同转录起始位点13。因此，COF-启动子的相容性可能成为物种中不同的转录程序的基础，如果蝇和人类不同。
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