所有分类
新的公开数据库将对与生物样本相关的元数据进行编目，使研究人员更容易共享和重复使用遗传数据进行环境和生态分析。
该资源称为基因组天文台元数据库(GeOMe)，由史密森尼国家自然历史博物馆的研究人员和其他八个博物馆和研究机构开发。它将公开可用的遗传数据与收集样本的地点和时间的记录联系起来，提供迄今为止从广泛共享的数据库中遗漏的背景信息。这些信息对于比较全球不同地区的生物多样性并随时间跟踪它们至关重要。但是，尽管研究界需要更多的数据共享，但研究人员迄今为止缺乏使这些信息随时可用的工具。
该数据库的开发人员于8月3日在PLOS Biology期刊上发表文章说，标准化和保存这些元数据将大大提高研究人员已经收集的基因序列数据的价值。通过GeOMe，研究人员将能够查找和访问在世界任何地方的特定时间和地点收集的遗传数据，使他们能够提出有关地球上生命结构和可持续性的重大问题。例如，他们可能会调查全球特定海拔高度的居民如何随着地球气候的变化而发生变化。
“通过全球变化追踪生物多样性是一项合作努力，”国家自然历史博物馆的研究动物学家克里斯托弗迈耶说，他帮助领导了GeOMe的发展。“我们不能靠自己做.GeOMe将为未来推进大数据和发现，使科学研究的总和远远超过个别研究产品。”
分析从海洋，淡水或陆地采集的生态样本 - 无论是植物还是动物或整个微生物群落 - 的科学家都有自己的系统来跟踪收集这些样本的时间。但对于更广泛的研究界而言，这些信息很难获得，也无法全面搜索。GeOMe通过将样本的时间，环境，地理空间和学术环境信息永久地链接到国家生物技术信息中心存储的基因序列数据，提供了一种解决方案。
迈耶说，他和他的同事们投入时间和资源来开发GeOMe，因为他们知道这将是加速发现的有力工具。作为博物馆的科学家，他们认识到跟踪和保存信息的价值。梅耶说，作为获取和传播生物多样性知识的领导者，国家自然历史博物馆发挥关键作用非常重要。
GeOMe的开发人员，包括加利福尼亚州立大学蒙特利湾的Eric Crandall，夏威夷海洋生物学研究所的Michelle Gaither和伯克利自然历史博物馆的John Deck，都致力于确保资源易于使用和适应广泛的需求。他们说，随着数据库和工具包免费供研究界使用，科学期刊现在可以要求作者以可搜索和标准化的格式提供元数据，就像他们长期为基因序列数据所做的那样。
重要的是，该团队指出，GeOMe中的数据将符合基因组标准联盟和生物多样性信息标准组织制定的标准，确保提交者捕获并记录每个样本的相同基本信息。这些标准将确保将来研究人员能够跨数据集进行分析。
“[我们对生物多样性的了解]是通过基因组数据编写的 - 但数据并不意味着什么，除非你能把它放在上下文中，”迈耶说。“如果我们现在不开始实施这样的工具，那么我们的数据永远不会有用。”
所有评论仅代表网友意见，与本站立场无关。
我要评论