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虽然有益微生物正在成为农业中更常见的工具，但由于现实世界的环境压力因素如热和干旱，与其他微生物的竞争以及与寄主植物的相互作用，它们在该领域的有效性受到严重削弱。这些因素会降低治疗效果，甚至会导致微生物濒临灭绝。
增加这些挑战：新的有益微生物和微生物组相关治疗的发展一直很缓慢。由于在土壤中发现的微生物类群非常庞大且多样化，因此很难将最有益的微生物分类群用于研究。
通过一篇新的Phytobiomes期刊评论论文，标题为“从理论到实践的植物生物学翻译：生态和进化的考虑”，Drs。德克萨斯大学综合生物学系的Christine Hawkes和Elise Connor提出应用生态学理论来改进微生物技术开发过程。
“大多数农业植物微生物组研究与生态机制脱节，”霍克斯说。“我们认为，如果我们能够确定潜在的生态机制，这些可以提供一个路线图，以改善成功的微生物组治疗的发展和应用。”
使用内生真菌来说明，Hawkes和Connor讨论了生态和进化生态位理论在植物微生物组研究中的整合，以帮助开发和实施微生物组治疗。他们具体讨论：
应用利基分区等流程来限制竞争互动并最大化持久性，允许在居民分类之前建立优先级效应，利用利基可用性的时间变化的存储效应等。
这些利基过程如何成为在该领域建立和持续微生物组治疗的障碍或机会。
实施利基微生物组治疗的障碍，包括中性过程，技术问题和接种物生产规模的潜在作用。
“通过在设计治疗时考虑利基，我们可以提高治疗效果和持久性，”霍克斯说。“理想情况下，确定最重要的机制将使我们能够组建强大，难以入侵的治疗社区，并在环境波动的情况下提供一致的效益。”
霍克斯还指出了微生物组治疗研究的一个主要好处：他们可能有一天会通过植物 - 微生物相互作用而不是化学添加剂帮助种植者转向更具可持续性，低投入的农业。
“我们正在进入微生物组发现的新时代，这有可能改变我们种植作物的食物和燃料的方式，”霍克斯说。“考虑到与宿主，其他微生物和环境的微生物生态相互作用，本文提供了如何做到这一点的新观点。”
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