标记蛋白具有许多优点。原则上，该方法为检测各种细胞成分中感兴趣的蛋白提供厂新的手段。
①如果开放阅读框已经被克隆化，但是由于蛋白是新发现的，或者由于蛋白免疫原性较弱， 目前尚没有针对该蛋白产物的抗体时，此标记技术具有重要的应用价值。随着基因组的研究，由基因工程进入蛋白工程，标记技术显得越来越重要。
②标记物可用于免疫沉淀试验，由于抗标记物抗体的高度特异性，可以检测结合在标记蛋白上的其他感兴趣的目的蛋白。
③只要具备适当的载体，标记蛋白可在任何细胞中进行表达；例如，相同的标记蛋白既可在细菌中高效表达，又可在昆虫细胞系统中表达。
4标记技术可用于纯化表达的蛋白，其特点是由于洗脱方法非常温和，可以纯化活性蛋白或蛋白复合物。
⑤由于标记物不是天然蛋白氨基酸序列的固有部分，与标记物结合的试剂在进行蛋白提纯过程中，对蛋白功能产生影响的可能性较小。
⑥因为每个标记物是独特的，有可能在同一细胞表达系统中同时表达多种标记物以研究蛋白质之间的相互作用或进行共定位（colocalization）。也可以使用多种标记物对同一蛋白或蛋白复合物进行纯化，如按顺序地使用2种标记物纯化蛋白质时，可取得较好的效果。
⑦标记物的定位特性以及与其他分子的相互作用，可通过稳定转染细胞中的表达进行监测。标记物用于细胞染色和免疫印迹中检测蛋白，对区分内源性的未标记蛋白和外源性蛋白效果较好。
