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用于靶向蛋白质组学 用于浏览公共质谱数据的插件

用于靶向蛋白质组学 用于浏览公共质谱数据的插件

生物学家经常在一系列蛋白质相互作用,网络和途径中设想他们的假设。反过来,他们的实验可能集中于测量这些蛋白质的明确子集,对应于靶向蛋白质组学实验。然而,迄今为止,设计靶向蛋白质组学实验非常耗时,并且通常仅由质谱专家进行。许多出版物已经接受了改进蛋白质测定设计的挑战。他们的建议很大程度上依赖于使用先前确定的肽/光谱匹配的方法,并且用于蛋白质组学的几个大型串联质谱数据库。但他们提出的方法通常是从质谱角度出发,没有更高阶的生物背景。 为了应对这一挑战,一篇新论文描述了一种探索公共质谱数据的软件【详细】

2019-01-12 10:18:34 148

在细胞蛋白质工厂的创建中 有时更少

在细胞蛋白质工厂的创建中 有时更少

核糖体是制造蛋白质的细胞机器,蛋白质是实现大部分生命功能的分子。为了制造核糖体,细胞需要产生丰富的氨基酸(蛋白质的原料)和三磷酸腺苷(ATP,运行核糖体所需的能量货币)。然而,功能性核糖体的组装也需要镁。耶鲁大学博士后研究员Mauricio Pontes发现了一种基因“程序”,即使在镁缺乏的情况下,它也能使细胞产生功能正常的核糖体。 第一步涉及激活抑制ATP产生的基因。由于大部分细胞镁与ATP有关,因此ATP水平的降低使得镁可用于核糖体组装。然而,较少的ATP导【详细】

2019-01-12 10:13:29 142

超越基因 蛋白质图谱评分氮固定二重奏

超越基因 蛋白质图谱评分氮固定二重奏

在农业生物技术的许多难以捉摸的grails中,赋予非豆科植物如谷物的固氮能力排在最顶端。这样做是一个巨大的挑战,因为豆科植物与共生华尔兹中的细菌称为根瘤菌,使植物能够从空气中提取营养,并超越对环境有害的化学肥料的需求。自然过程是作物轮作实践的核心,广泛用于防止玉米等作物的土壤枯竭,这取决于合成肥料的使用。事实上,两种截然不同且非常相关的生物 - 植物和细菌 - 可以合作完成从大气中吸取维持生命的氮的壮举,这只是工厂工程师在寻求将这种质量赋予其他方面时所面临的挑战之一。重要的作物。 然而【详细】

2019-01-12 09:56:48 128

索尔克团队首先发现了控制人体昼夜节律强度的蛋白质

索尔克团队首先发现了控制人体昼夜节律强度的蛋白质

每天中午,你体内的基因和蛋白质水平与午夜时截然不同。生理活动的24小时周期被打乱,这就是为什么时差或晚上睡不好会改变你的食欲和白天的睡眠模式,甚至会导致心脏病、睡眠障碍和癌症等疾病。现在,索尔克研究所和合作者的科学家们发现了一个关键的球员叫做REV-ERBα-that控制的力量的蛋白质在哺乳动物的昼夜节律。这一发现在该领域是不寻常的,因为大多数昼夜节律基因和蛋白质只会改变每日周期的时间或长度。 贝多芬第九交响曲”是否在你的立体声或交响乐的基因在我们的身体,都需要【详细】

2019-01-11 17:19:28 86

神经科学分裂大脑的蛋白质

神经科学分裂大脑的蛋白质

大脑不同区域之间的边界对于大脑的运作至关重要。迄今为止的研究表明,位于细胞膜上的分子机器如细胞粘附分子负责调节边界形成。具体而言,Slit和Netrin是可扩散的指导分子,其调节细胞的吸引和/或排斥。接收Slit或Netrin的细胞从其来源被排斥。然而,还已知一些细胞被吸引到Netrin的来源。金泽大学的Makoto Sato及其同事在iScience报告说,这些可扩散的分子对于飞行脑中的边界形成是必不可少的。成年蝇大脑的视觉中心可以来自幼虫蝇大脑的两个部分,内部增殖中心(IPC)和外【详细】

2019-01-11 15:41:38 40

科学家可以通过将数据转换为音乐来聆听蛋白质

科学家可以通过将数据转换为音乐来聆听蛋白质

将有关蛋白质结构的数据转换为旋律,为科学家们提供了一种全新的方法来分析分子,这些分子可以通过聆听它们来揭示它们如何工作的新见解。发表在Heliyon期刊上的一项新研究表明,音乐声音可以帮助科学家用耳朵而不是眼睛分析数据。来自芬兰坦佩雷大学,美国东华盛顿大学和英国弗朗西斯克里克研究所的研究人员相信他们的技术可以帮助科学家更容易地识别蛋白质异常。“我们相信人们最终会听取数据并从经验中获取重要信息,”乔纳森米德尔顿博士评论道,他是一位作曲家兼音乐学者,曾在东华盛顿大学【详细】

2019-01-11 11:51:40 84

新特征的蛋白质相互作用可能有助于寻找新的抗癌药物

新特征的蛋白质相互作用可能有助于寻找新的抗癌药物

一些抗癌剂意图扰乱p97蛋白复合物的功能,这对于癌细胞的存活是必需的。Helmholtz协会(MDC)MaxDelbrück分子医学中心的一个研究小组现在已经找到了将p97复合物分解为其亚基的方法,并在Nature Communications上发表了他们的结果。许多蛋白质组织在所谓的蛋白质复合物中,联合起来完成某些任务。环形p97蛋白复合物是这样一种分子机器,它由六个相同亚基组成,并参与处理细胞垃圾和其他任务。癌细胞产生特别大量的蛋白质,因此产生大量废物,这就是p97对其生【详细】

2019-01-11 11:50:33 138

显示古老蛋白质控制植物生长

显示古老蛋白质控制植物生长

加州大学洛杉矶分校领导的国际生命科学家团队报告了发现调节植物生长的机制,这可以为哺乳动物生物钟如何影响人类健康提供新的见解。该研究将于10月21日发表在“ 科学 ”杂志上。在过去的二十年中,生物学家已经了解到,被称为隐花色素的古代光感受器蛋白决定了人类,动物和植物对光的反应方式,以及它们的生物钟。这些隐花​​色素还指导鸟类和蝴蝶的迁徙,使它们能够长途跋涉。在这项新的研究中,来自加州大学洛杉矶分校,日本,韩国和中国的科学家报告了一组蛋白质,他们称之为蓝光抑制剂的隐【详细】

2019-01-11 11:47:04 90

量子跃进基于质谱的蛋白质组学的可靠性

量子跃进基于质谱的蛋白质组学的可靠性

现代质谱系统使科学家能够定期确定细胞或组织样本的定量组成。但是,不同的分析软件包通常会从相同的原始数据中产生不同的结果。由美因茨大学医学中心的Stefan Tenzer教授领导的国际研究团队现在解决了这个问题。在与全球领先实验室的国际合作框架内,该团队对各种分析软件包进行了比较和修改,以确保不同的软件解决方案能够产生一致的结果。世界各地的各种实验室都从这项工作中受益,使研究人员能够以标准化的方式分析或比较定量蛋白质组学分析的结果。这对于检测某些器质性疾病至关重要,如癌症,在早期阶段。T【详细】

2019-01-11 11:18:06 74

关键蛋白质涉及衰老的负面副作用

关键蛋白质涉及衰老的负面副作用

细胞衰老是正常健康细胞不具有分裂能力的状态。当致癌基因在正常细胞中被激活或在癌细胞上使用化学疗法时,可发生衰老。因此,衰老诱导了阻止快速分裂细胞生长的机制。一旦被认为只有助于阻止癌症进展,Wistar研究所的研究表明,在衰老过程中,细胞因子和趋化因子(免疫反应中很重要的小蛋白质)的分泌因子增加,这些因子可能具有有害的,促肿瘤发生的一面。效果。Wistar研究所的研究人员发现了一种蛋白质,它在细胞因子和趋化因子的表达中发挥着关键作用,并且降低这种蛋白质会抑制这些分泌因子的表达。这表明可能【详细】

2019-01-11 10:48:18 118

蛋白质保存为异常RNA 你不能通过

将蛋白质保存为异常RNA  你不能通过

他们发现RNA结合蛋白受到调节,使得网关蛋白可以识别并阻止遗传密码的异常链从核中离开。未使用的信使RNA(mRNA)链不能离开细胞核最终会崩解。他们今天在“ 科学报告 ”杂志上发表的研究结果揭示了一个复杂的细胞调节系统,它作为一种质量控制形式,用于将遗传信息传递出细胞核。研究人员表示,在疾病研究中,更全面地了解遗传信息如何在细胞中表达是非常重要的。伯克利实验室分子生物物理学和综合生物成像部门的研究主任研究员Mohammad Mofrad说:“这种机器【详细】

2019-01-11 10:32:30 45

在生物学中起重要作用的微小蛋白质

在生物学中起重要作用的微小蛋白质

我们都知道,要找到像隐形眼镜这样的小东西融入背景是多么困难。同样,生物学家也很难在细胞复杂的背景下找到微小的蛋白质。但是,科学家们越来越多地认识到,这些被传统检测方法忽视的微蛋白也可以发挥重要的生物学作用。利用一种新的微蛋白检测策略,索尔克的科学家们发现了一种人类微蛋白,它参与了细胞的关键任务之一:清除不再需要的遗传物质。这种新分子可以更好地理解包括疾病基因在内的基因水平是如何在细胞中被控制的。 Salk教授Alan Saghatelian是这篇发表在2016年12月5日《自然化学生物【详细】

2019-01-10 17:30:54 78

一种快速绘制蛋白质社交网络的新方法

一种快速绘制蛋白质社交网络的新方法

索尔克的科学家们开发了一种新的高通量技术来确定细胞中哪些蛋白质相互作用。映射这个交互网络(或称为“交互体”)在过去进展缓慢,因为一次可以测试的交互数量是有限的。这项新方法发表在6月26日的《自然方法》杂志上,研究人员可以在一个实验中测试数千种蛋白质之间的数百万种关系。“这种新方法的力量在于,我们现在必须扩大它的规模,”资深作者约瑟夫•埃克(Joseph Ecker)表示。埃克是索尔克基因组分析实验室的教授兼主任,也是霍华德&bu【详细】

2019-01-10 17:17:08 85

蛋白质代谢可能是长寿的线索

蛋白质代谢可能是长寿的线索

这看似矛盾,但研究罕见疾病的病因可以为正常健康提供有用的见解。研究人员在研究早衰症(Hutchinson-Gilford progeria)时发现,早衰症中有一种错误的蛋白质过程,可以帮助健康人以及早衰症患者活得更长。索尔克研究所的科学家发现,早衰症患者的蛋白质合成过度活跃。这项研究发表在2017年8月30日的《自然通讯》杂志上,进一步证明减少蛋白质的合成可以延长寿命,从而为对抗过早衰老和正常衰老提供了一个有用的治疗靶点。 “对于细胞来说,蛋白质的生产是一个极其耗能的过程,【详细】

2019-01-10 16:46:51 152

揭示蛋白质最保守的秘密

揭示蛋白质最保守的秘密

在细胞熙熙攘攘的环境中,成千上万的蛋白质彼此相遇。尽管吵吵嚷嚷,但它们都能选择性地与合适的伴侣进行互动,这要归功于它们表面特定的接触区域,考虑到数十年来对蛋白质结构和功能的研究,这些区域的神秘程度仍远远超出人们的预期。现在,索尔克研究所的科学家们开发了一种新的方法来发现蛋白质表面的接触对这些细胞相互作用是至关重要的。这种新方法表明,即使对研究充分的蛋白质,也可以发现其基本的新功能,并对治疗药物的开发具有重要意义,这在很大程度上取决于药物如何与细胞靶点进行物理相互作用。这篇论文发表在11【详细】

2019-01-10 16:36:22 139

多管闲事的蛋白质可能会让你神经紧张 但这是件好事

多管闲事的蛋白质可能会让你神经紧张 但这是件好事

感觉神经元调节我们如何识别疼痛、触摸以及我们自己身体的运动和位置,但神经科学领域刚刚开始解开这个回路。如今,索尔克研究所(Salk Institute)的一项新研究表明,一种名为p75的蛋白质对疼痛信号的传递至关重要,有朝一日,它可能会对治疗神经系统疾病以及脊髓损伤等创伤产生影响。p75蛋白是多管闲事的。它在许多不同的信号通路中发挥作用,”Salk教授Lee Kuo-Fen说。这种复杂性使得蛋白质的研究变得有趣。在这项最新的研究中,我们发现,除了它的其他功能外,它对某些痛觉【详细】

2019-01-10 16:26:18 60

科学家们发现了蛋白质如何触摸

科学家们发现了蛋白质如何触摸

由斯克里普斯研究所(TSRI)科学家领导的一项新研究表明,2010年首次在TSRI发现的蛋白质直接负责感应触觉。关于这种蛋白质的知识,称为Piezo 1,可能与设计更好的止痛药和探索血液疾病,高血压等的未来疗法有关。“这项最新研究提供了明确的证据,证明Piezos本身就具有机械敏感性,”资深作者,TSRI教授和霍华德休斯医学研究所(HHMI)研究员Ardem Patapoutian说。一种神秘的“感觉” Piezo 1是通过细胞膜的&ld【详细】

2019-01-10 11:37:05 150

蛋白质指向正确方向的细胞 用于在发育中的组织中迁移

蛋白质指向正确方向的细胞 用于在发育中的组织中迁移

动物胚胎发育过程中皮肤组织的伸展和生长需要一种新的信号通路,涉及CDC-42 GTP酶在迁移过程中指导细胞运动,威斯康星大学麦迪逊分校的Elise Walck-Shannon和Jeff Hardin及其同事报告说11月18日发表于PLOS Genetics的一项研究。胚胎中的组织通过称为插入的过程改变形状。一种特殊形式的插入允许一片组织中的细胞在其邻居之间楔入,使组织从一侧到另一侧变窄,同时从前到后延长组织。在这项研究中,作者使用模型蛔虫,线虫的皮肤组织研究了一种名为CDC-42 GT【详细】

2019-01-10 10:44:29 130

冻结框架蛋白质显示癌症是如何演变的

冻结框架蛋白质显示癌症是如何演变的

来自莱斯大学,贝勒医学院和其他机构的科学家正在使用合成生物学来捕获难以捉摸的,短命的DNA片段,这些片段是健康细胞在成为癌症的过程中产生的。研究人员表示,这项工作可以通过中和“DNA中间体”来开发可以预防癌症的新药,这些遗传密码是在健康细胞癌变时产生的。该研究在开放获取期刊Science Advances的一篇新论文中有所描述。“在我的实验室中,我们研究基因组 - 生物体中的基因 - 如何改变,特别是正常细胞的基因组如何改变以将细胞转化为癌细胞,&r【详细】

2019-01-10 10:34:17 58

在与有害细菌作斗争中鉴定出保护性蛋白质的机制

在与有害细菌作斗争中鉴定出保护性蛋白质的机制

南安普顿大学与新加坡A * STAR的同事合作进行的研究为蛋白质提供了新的认识,该蛋白质在保护与有害感染相关的细菌细胞方面发挥着重要作用。了解蛋白质的保护机制可能有助于开发新的抗菌药物。这种名为OmpA的蛋白质存在于许多革兰氏阴性细菌的外细胞膜中,这些细菌是造成许多影响人类,动物和植物的细菌感染的原因。高度复杂的细胞包膜保护这些细菌免受天然存在的抗微生物化合物和条件的影响,这些化合物和条件可能导致细胞体积的突然,潜在破坏性变化。外壳由外膜和内膜组成,它们被称为“周质空间&r【详细】

2019-01-10 10:25:35 134

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